Борис Владимирович Агафонов окончил с отличием стоматологический факультет Омской государственной медицинской Академии в 2002 г. В период с 2002 по 2004 год прошел обучение в клинической ординатуре по специальности «Ортопедия».

С 2004 года Агафонов Борис Владимирович работает врачом стоматологом-ортопедом в частных стоматологических клиниках.

Неоднократно Борис Владимирович повышал квалификационную категорию. Участвовал в мастер-классе «Люминиры-красота улыбки». Посещал тематические курсы по Протезированию на имплантах, геометрическом обосновании эстетического протезирования, эндодонтическим аспектам в ортопедии, ортодонтическим аспектам в решении локальных и комплексных проблем протезирования зубов, планированию и препарированию, непрямой реставрации. Агафонов Борис Владимирович был участником лекции «Стоматогнатическая система и фундаментальные основы функции» и практического курса «Инструменты и условия корректного восстановления функции стоматогнатической системы. Аксиография», а также Всемирного имплантологического симпозиума в Москве и Всемирного конгресса «Гиперреализм в стоматологии».

В 2017 году проходил стажировку на базе учебного центра профессора Доменико Массирони, Италия.